加速推動基因體研究

Intel 與 Broad Institute 共同合作,利用功能強大且富有彈性的資料中心解決方案進行基因體分析。

Intel-Broad Center for Genomics Data Engineering

Intel-Broad Center for Genomic Data Engineering 的研究人員和軟體工程師建構、最佳化並廣泛共享新的工具和基礎架構,協助科學家整合及處理基因體資料。該專案旨在讓基因體分析的硬體和軟體最佳實務優化,才能將儲存在私有雲、公有雲和混合雲的研究資料集結合起來加以運用。其目標是讓世界各地的研究人員能夠存取他們從前無法接觸的資料,進而更快產生健全的研究成果。

Intel 與 Broad 交付基因體堆疊

Intel 與 Broad Institute 引進新的整合式硬體與軟體解決方案,以前所未見的規模,透過更簡易的開放原始碼部署,加速執行 Broad 的 Genome Analysis Toolkit。 參閱我們的解決方案合作夥伴如下。

促進新發現的共同願景

協助世界各地的研究人員更快完成深入解析,最終達成改善人類健康的目標,這就是我們的使命。

Anthony Philippakis,M.D., PH.D., Broad Institute 資料長說明 Intel 與 Broad 如何共同合作。

我們對基因體分析的願景

健康與生命科學領導性思維的最新發展

Broad-Intel Genomics Stack* (BIGstack*)

瞭解 Broad-Intel Genomics Stack* (BIGstack*) 如何協助加速基因體研究與全基因體定序。

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利用 OpenCL™ 和 FPGA 加速基因體研究

看看 Intel 與 Broad Institute 如何利用 OpenCL™ 和 FPGA 執行 GATK 的 HaplotypeCaller 演算法來加速基因體研究。

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Intel® Select 解決方案 (Intel® Select Solutions) 推動計算基因體學與分析

瞭解 Intel 與 Broad Institute 如何透過硬體和軟體解決方案合力推動計算基因體學與分析的發展。

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GKL 壓縮

使用 GKL 壓縮最佳化可讓效能提升 2.8 倍。

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GATK* 適用的基礎架構

為 GATK* 基因體分析導入硬體和軟體最佳實務。

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FPGA 加速技術

利用 FPGA 的力量讓單倍體基因型呼叫 / PairHMM 函數的效能顯著提升。

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全基因體分析

Intel 叢集式架構可加速全基因體變異分析的效能。

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將基因體資料儲存為稀疏列式陣列

GenomicsDB 是儲存基因體變異與機率資料的技術。

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開發者資源

取得基因體學分析最佳化所需的開放原始碼架構和工具,以及導入、用標準衡量與自訂化所需的程式碼和參考架構。

Genome Analysis Toolkit*

業界領先的分析解決方案。現在隨附主要的支援元件,讓導入更輕鬆。

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取得 GATK*

Cromwell

以 Broad 的 Workflow Description Language (WDL) 為基礎的執行管理引擎。彈性、開放原始碼且適用於本機或雲端作業。

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取得 Cromwell

Genomics Kernel Library*

最佳化的運算核心,適合 64 位元 Linux* 和 Mac OSX* 系統下的 Intel® 架構。包括適用於 PairHMM、igzip 壓縮和 otc_zlib 壓縮的核心。

進一步瞭解和取得 GKL

GenomicsDB

適用於基因體變異資料管理的專門且高度最佳化的稀疏資料陣列。

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取得 GenomcsDB

Lustre*

適用於 HPC 大數據工作負載的平行檔案系統。包含適用於 Lustre* 軟體的 Intel® 解決方案。

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取得 Lustre

HTCondor

HPC 的工作負載管理、工作佇列安排、排程、優先順序排列、資源監控以及資源管理。

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取得 HTCondor

Intel® Omni-Path Architecture

低延遲、低耗電及高輸送量的高效能資料中心通訊架構。

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取得 Intel® Omni-Path 軟體

Intel® 可擴充系統架構 (Intel® Scalable System Framework)

Intel® 可擴充系統架構 (Intel® Scalable System Framework,SSF) 結合了 Intel 的運算、記憶體和儲存裝置、架構與軟體技術,推動新一波 HPC。

進一步了解

Broad-Intel Genomics Stack 是一個整合式解決方案,利用 Intel 最新的運算、網狀架構、記憶體和儲存技術執行 GATK*。

Intel® 產品

Intel® Xeon® 處理器 E5 系列產品

現有伺服器級基礎架構上的高吞吐量評分。

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Intel® Xeon Phi™ 處理器系列產品

縮短時間以在耐用、可擴充的基礎架構上訓練深度類神經網路。

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