當使用 Quartus® II 程式設計程式器間接使用 JTAG 和增強模式序列快閃載入器清除序列組態裝置時,序列快閃可能無法完全清除。 增強模式序列快閃載入器預設會在 Quartus II 程式程式程式中選取。
當 JTAG Indirect Configuration (.jic) 檔案被分配到 Quartus II 程式程式程式的快閃裝置時,只有 .jic 檔案中包含資料的快閃區域才會清除。舉例來說,如果 EPCS64 裝置上只使用包含 13.6Mbit FPGA影像的檔,則只會清除底部 13.6Mbit,而剩餘的 50.4Mbit 將會依原樣保留。